Ова се болести за кои матичните клетки се стандарден третман. За некои од нив матичните клетки се единствена терапија, а за други болести пак тие се употребуваат кога примарната терапија не дава задоволувачки резултати или кога болеста е агресивна: акутни и хронични леукемии, миелодиспластични синдроми, лимфоми, наследни нарушувања на еритроцитите, анемии, миелопролоферативни нарушувања, имунодефициенции, метаболички нарушувања.
Ова се болести кај кои третманот со матични клетки дал бенефит, но сеуште не се прифатени како стандардна терапија. За дел од овие болести, трансплантот на матични клетки ја забавува прогресијата на болеста, а за дел претставува излекување. Но оптималното дозирање и употребата се во фаза на испитување. Во оваа група спаѓаат следните заболувања: јувенилен дијабет, хронова болест, лупус, церебрална парализа, енцефалопатии, траума на мозок, оштетувања на рбетен мозок, мултипла склероза, канцер на дојка, ренален канцер.
Ова се болести кај кои третманот со матични клетки е во прва фаза од клинички испитувања: ревматски и јувенилен артритис, склеродерма, алцхајмерова и паркинсонова болест, обновување на срцев мускул после инфаркт, репарација на органи.